非淋病性尿道炎多为性传播疾病。发病率为淋病的1—4倍，其病原主要为沙眼衣原体，人类约有10—20%的人群被感染，但感染后可长期不引起疾病，对女性的损害重于男性，是女性不孕、宫外孕、盆腔炎的常见原因。约30%淋病患者治愈1—2周后复又出现尿道炎症状多由衣原体感染有关，但这类患者也可能再感染或淋病治疗失败。非淋病性尿道炎的危害主要有：
    沙眼衣原体是感染性很强的病菌，不易为人体杀灭。衣原体的生活史存在两种形态，即原生小体与网状小体，原生小体具有细胞壁与细胞外膜，表面无菌毛，但有突起，在细胞外生活，具有传染性，原生小体与人体柱状上皮接触后即被吞噬进入胞浆，与细胞内进行二分裂繁殖。此时的原生小体失去细胞壁为网状小体，无传染性，只是一种生殖形态，当网状小体增殖到100—1000个小体时，最后突破宿主细胞，在细胞外继续侵袭其他细胞。
    衣原体主要侵犯人体尿道、角膜、子宫颈、子宫内膜、输卵管的表层柱状上皮细胞，不侵入粘膜下层，粘膜下层只有淋巴细胞侵润，采用抗菌素治疗后粘膜下病变仍继续存在，长期慢性感染可导致纤维化。非淋病性尿道炎可合并慢性前列腺炎，在慢性前列腺炎病例中有17%是非细菌性病原体，其中沙眼衣原体占多数。支原体（解脲脲原体）是否引起尿道炎尚有争论，但实验结果可引起尿道炎。
    非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病轻，但危害并不比淋病轻。由于症状较轻，很多患者失去了治疗的最佳时期，从而使治疗非常困难，本病尤其在女性中症状极其轻微，而女性感染者由于症状轻微往往不予治疗，增加了本病传播的机会。本病除引起尿道炎外，在女性约一半以上的患者有合并症，如子宫内膜炎、输卵管炎、宫外孕、不育症和流产。
    非淋病性尿道炎合并症男性主要合并症为附睾炎，前列腺炎及Reiter综合征等。女性主要为输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠及不育症等。

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